Al igual que a los niños, se ofrece a los jóvenes de nivel medio integrarse por medio de grupos de formación al Club San Francisco Javier. Las reuniones se conforman con alumnos de un mismo año escolar y están a cargo de egresados de la institución.
El Club ofrece a los jóvenes un espacio de sana diversión, lecturas formativas y reflexiones que afianzan su formación.
Asimismo, se organizan obras de misericordia, salidas a la montaña, campamentos, actividades deportivas y recreativas.
Desde el Club Secundario se busca cimentar la vida de fe de sus miembros siguiendo las enseñanzas de nuestra Iglesia y se procura darles herramientas para su futura inserción social en instituciones, carreras universitarias, trabajos o tareas en las que les toque participar en el futuro.
Durante su paso por el Colegio en el nivel secundario, los alumnos podrán vivenciar a través del Club, experiencias que fortalezcan las virtudes orientadas a elevar el espíritu e identificarse con ideales trascendentes.
Las actividades se desarrollan fuera del horario escolar y están a cargo de docentes y egresados que siguen aportando su tiempo y capacidad a nuestro colegio.
La participación en el Club de Jóvenes es voluntaria y no tiene costo alguno.