A partir de 1976, un grupo de docentes decide hacerse cargo del nivel secundario de un antiguo colegio del que se había anunciado su cierre, el llamado Instituto Belgrano, que otorgaba el título de Bachiller Mercantil.

En 1989 el Instituto abrió la sección primaria y se convirtió en Colegio San Francisco Javier en honor al patrono de las misiones.

La demanda de inscripciones y el crecimiento sostenido del colegio obligó a la institución en el año 1996 a abrir el turno tarde del nivel primario. En el secundario se cambió el plan de estudio, adoptándose el Bachillerato Humanista e incorporando las lenguas clásicas: latín y griego.

Con posterioridad se fundó el jardín de infantes “Pamperito” que en 2006 ya contaba con sede propia debido a la alta demanda de alumnos.

Durante el año 2010 docentes y personal administrativo del San Francisco Javier llevan adelante la creación del Colegio Nuestra Señora de la Merced en el Pueblo del Torreón. En 2018 se decide fusionar ambos colegios, trasladándose el secundario y al año siguiente el primario San Francisco Javier a El Torreón, donde se encuentra emplazado actualmente.

En estos 40 años transcurridos, muchos docentes y familias han aunado esfuerzos por la educación de niños y jóvenes. Y hoy compartimos la alegría de saber que los nietos de quienes iniciaron el colegio, es decir, la tercera generación de alumnos, están cursando sus estudios en la misma institución que lo hicieron sus padres.

Asimismo, docentes que durante muchos años fueron verdaderos maestros en nuestras aulas, hoy están dejando lugar a varios egresados del San Francisco Javier, quienes habiendo cursado sus estudios universitarios, regresan al colegio dando muestras de gratitud y cariño por la institución.